中国农业科学院农产品加工研究所作为本领域唯一的国家级科研机构，肩负着发展农产品加工科学技术、转化技术成果、培养农产品加工高级科研人才、组织全国科研协作、开展国际合作与交流和提供农产品加工政策咨询等使命，“一手抓基础研究，一手抓技术、工艺和产品研制”，开展农产品加工基础性工作、基础研究、高 技术发展、关键技术研究、技术集成、产品研制和标准制定，解决农产品加工业发展中的基础性、方向性、全局性和前瞻性问题，引领我国农产品加工科学技术发展方向，服务农产品加工产业发展，行使国家队职责。
农产品加工研究所主要承担着中国农业科学院九大学科群之一——农产品加工与食品科学的建设和发展重任，设立了粮油加工与功能食品、果蔬加工、肉品加工、乳品加工、农产品保鲜与物流及食品质量与安全等6个研究室，农产品加工技术与工程、农产品保鲜与物流、食品质量与安全等3个一级学科，以及农产品质量与食物安全、生物物理学两个博士点，农产品加工与贮藏工程、食品科学两个硕士点和食品加工与安全农业推广硕士学位授权点。
截至2010年底，研究所在职职工98人，科技人员68人，享受国务院特殊津贴专家3人，研究员15名、副研究员20名，博士生导师9名、硕士生导师16名，具有博士学位的研究人员22名，在读各类研究生120余名。
“十一五”期间主持的重大项目有863项目3项，支撑计划2项，农业科技成果转化项目3项，公益性农业行业科研专项1项，“948”项目3项，现代农业产业技术体系科研专项3项，国际标准跟踪平台项目1项，国际合作与交流项目1项，国防科工局项目1项，国家自然科学基金项目8项。发表论文300余篇，其中SCI收录文章30余篇，出版专著30余部，授权国家发明专利40余项，主持制修订标准15项，鉴定成果10余项，主持项目获得中国农业科学院科技成果奖一等奖1项、二等奖2项，参与项目获得省部级科技进步奖4项。
农业部农产品加工与质量控制重点开放实验室、国家农产品加工技术研发中心和农业部辐照产品质量监督检验测试中心等国家级平台依托建设在加工所。研究所占地约150亩，现拥有14000平方米的科研办公用房和5000平方米的科研辅助用房，其中有约6000平方米的食品科学研究中心、1000平方米的食品安全实验室、2600平方米的辐照中心和1000平方米的质检中心等。重点实验室的大型仪器设备80余台套，总值2000余万元，研发中心建成中试线9条，大型仪器设备150余台（套），总值1000余万元，质检中心设备30余台（套），总值近400万元。
建成了中国-阿根廷食品科学技术联合研究中心等国际合作平台，与德国、加拿大、英国、韩国、意大利、澳大利亚、日本和国际原子能机构等国家和国际组织的合作关系进一步加强。
组织科研大协作，主办“全国农产品加工科研院所长高层论坛” 和“全国农产品加工院所联谊会”等。与企业、兄弟院所、大专院校共建学科和联合研究中心，开展多层面、多机制科研协作。
参加农业部农产品产地初加工惠民工程、农科院“三百”科技支农、科技援疆、援藏和科技扶贫等行动。
研究所开发出高水分挤压组织化大豆蛋白技术、新型果蔬变温压差膨化（非油炸）干燥技术 、花生功能性短肽制备关键技术、酵母β-葡聚糖制备技术、甘薯蛋白生产技术、特色杂粮全营养饮品生产技术、面粉厂麦麸及麦胚副产物综合开发技术、冷却羊肉加工技术、ESL奶的生产技术、发芽糙米及其系列化产品生产技术等。研究所愿意与国内外科研院所、高等院校和企业开展广泛的交流与合作。
自2003年12月19日成立以来，研究所承担的项目主要有：国家“十五” 863项目、“十五”重大科技专项、“十五”科技攻关；国家“十一五”863项目、“十一五”科技支撑项目、社会公益类专项、科研院所技术开发研究专项、农业科技成果转化项目；国家自然科学基金和北京市自然基金；农业部的“948”项目和农业行业标准制修订项目；中国农业科学院杰出人才专项和国际原子能机构TC项目等100余项。研究所共申请专利10余项，取得国家发明专利7项，获省部级科技成果4项，农业部等部门鉴定成果10余项，发表论文200余 篇，主编或参编著作20余部，获国家科技进步奖二等奖1项、全国工商联合会科学技术一等奖1项、湖南省科技进步二等奖1项和中国农业科学院科学技术成果一等奖1项。建所三年多来，研究所紧紧抓住国家鼓励大力发展农产品加工业的契机，积极开展对外交流与服务，产出一批可转化的科技成果，如：高水分挤压组织化大豆蛋白技术、新型果蔬变温压差膨化（非油炸）干燥技术、花生功能性短肽制备关键技术、酵母β－葡聚糖制备技术、发芽糙米及其系列化产品生产技术。
